LBH Yogyakarta diresmikan 6 September 1981 sebagai bagian dari (bergabung dengan) YLBHI yang terlebih dahulu berdiri. LBH Yogyakarta didirikan oleh beberapa tokoh masyarakat yang mempunyai komitmen menegakkan hukum yang pada saat itu banyak terjadi penyelewengan hukum dan kekuasaan oleh aparat negara.

Dalam perjalanannya LBH mendapat kepercayaan dari masyarakat, hal tersebut dilihat dengan banyaknya pengaduan perkara, mulai dari perkara pidana, perdata, politik, perburuhan dan sebagainya. LBH juga mengenalkan bantuan hukum struktural, yaitu bantuan yang tidak semata-mata hanya berpijak pada instrumen pasal undang-undang yang positifistik, namun dengan melakukan berbagai terobosan dalam melakukan pembelaaan guna memperjuangkan keadilan bagi, masyarakat yang tertindas dan tidak mampu dibidang hukum maupun secara ekonomi.