Penetapan Kawasan Bentang Alam Karst tidak melindungi fungsi ekosistem esensial karst. Karst Gombong Selatan pertama kali ditetapkan sebagai kawasan Karst Gombong berdasar Kepmen No. 961K/40/MEM/2003 seluas 48.94 km2 sebagai dasar penetepan klasifikasi Karst Gombong. Kemudian pada tanggal 6 Desember 2004, oleh Presiden Soesilo Bambang Yudhoyono dicanangkan sebagai kawasan Ekokarst yang berfungsi untuk pemanfaatan berkelanjutan. Namun, implementasi pencangan Kawasan Ekokarst Gombong Selatan tidak membawa perkembangan yang menjanjikan untuk kelangsungan ekosistem karst Gombong Selatan. Hal ini terlihat dengan dikeluarkannya ijin dari Kepala Kantor Pelayanan Ijin Terpadu dan Penanaman Modal No. 503/16/KEP/2012 tanggal 19 November 2012 tentang Persetujuan Izin Usaha Pertambangan Eksplorasi Batu Gamping (271 ha).
Pada tahun 2014, Kementrian ESDM menetapkan karst Gombong sebagai Kawasan Bentang Alam Karst Gombong berdasar Kepmen No. 3043K/40/MEM/2014 tanggal 4 Juli 2014 dengan luasan 101.02 km2. Namun tidak lama berselang, dengan alasan ada kekeliruan dikeluarkanlah Kepmen No. 3873K/40/MEM/2014 tertanggal 16 Oktober 2014 dan luasan mengecil menjadi 40.89 km2.
Akibat dari penetapan KBAK Gombong, menyebabkan IUP harus disesuaikan karena ada kawasan IUP yang masuk dalam KBAK sebesar 62 ha dan harus dikeluarkan dari IUP dan penggantian dengan pengadaan penambahan lahan sebesar 86.55 ha (Andal PT Semen Gombong). Namun demikian, penetapan KBAK Gombong ini masih memunculkan pertanyaan karena, goa – goa dengan mata air yang sangat penting justru berada di luar kawasan yang dilindungi karena tidak termasuk di dalam KBAK Gombong. Selain itu, dari sisi potensi ekosistem esensial karst Gombong belum terlindungi karena masih banyak kawasan di luar KBAK sebagai habitat berbagai jenis kelelawar.
Dari sisi penetapan KBAK Gombong, kriteria yang sudah ditetapkan di dalam Permen ESDM 17 Tahun 2012 tidak dipenuhi terutama di daerah yang saat ini menjadi IUP PT Semen Gombong. Di kawasan IUP PT Semen Gombong ditemukan bukit karst, yang menjadi criteria KBAK (Pasal 4 Ayat 5 Huruf b). Di dalam IUP juga ditemukan goa – goa (Goa Kemiri, Gua Paes dan Gua Landak) dan mata air tidak permanen, meskipun tidak menjadi criteria KBAK sesuai dengan permen. Namun demikian, gua – gua tersebut menjadi habitat yang penting bagi berbagai jenis kelelawar meskipun memiliki populasi yang tidak besar.
Berdasarkan penelusuran tim Masyarakat Speleologi Indonesia (MSI) dan Belajar Caving Asyik (BAC), terdapat aliran sungai bawah tanah yang mengalir di dalam IUP. Sungai bawah tanah ini mengalir dari Gua Pucung dan keluar di Gua Candi. Penyusutan kawasan yang drastis dari 101.02 km2 menjadi 40.89 km2 dalam jangka waktu kurang dari 4 bulan saja menimbulkan pertanyaan besar, atas apa perubahan tersebut dilakukan, apa kajian yang telah dilakukan dari sisi ilmu speleologi, geologi, maupun hidrologi. Jangan-jangan perubahan KBAK hanyalah untuk memenuhi keinginan investasi.
Seharusnya penetapan KBAK merupakan suatu kebijakan yang berfungsi untuk melakukan perlindungan terhadap kawasan karst yang memang secara keilmuan adalah kawasan karst dengan berbagai fungsinya yang harus dilindungi. Namun kenyataannya berkaca dari kasus di Pati dan Gombong penetapan KBAK terkesan sebagai bisnis transaksional untuk memuluskan rencana pertambangan dan industri Semen dengan mengindahkan fakta lapangan bahwa kawasan tersebut masuk kategori kawasan karst. Kerusakan satu titik lokasi karst akan merusak seluruh kawasan karst tersebut. Kerusakan ini yang tidak pernah dipikirkan oleh para pengambil kebijakan. Mantra investasi seolah sudah menjadi mantra mendarah daging yang dianggap akan menyelamatkan semua umat. Tanpa disadari mantra inilah awal dari kerusakan dan bencana bagi seluruh rakyat.